El control y la erradicación de especies introducidas es uno de los problemas de más difícil y costosa solución. El Servicio del Parque Nacional Galápagos destina, desde hace ya mucho tiempo, un considerable esfuerzo en campañas de erradicación y cacería. Uno de los esfuerzos más notables es el de la erradicación de cerdos, gatos y ratas en la isla Santiago, y las duras campañas de cacería de chivos en Isabela que permitieron, por ejemplo, eliminar 13.000 individuos a fines de 1996 en el volcán Alcedo.
El esfuerzo más completo para atacar el problema de las especies introducidas en Galápagos es, sin duda, la propuesta de instalación de un sistema de cuarentena para las islas. En 1991, la Fundación Charles Darwin, inició investigaciones para la instalación del Sistema de Inspección y
Cuarentena para Galápagos (SICGAL). Al mismo tiempo, el Ministerio de Agricultura y Ganadería comenzó a elaborar un reglamento al respecto. En 1992, el Servicio del Parque se unió al proyecto. En 1993, se coordinaron talleres entre las tres instituciones para la elaboración de los primeros borradores del reglamento y en julio de 1994 fue promulgado oficialmente el "Reglamento Especial de Sanidad y Cuarentena Agropecuaria y de Áreas Naturales para las Islas Galápagos".
Para julio de 1995 estaba ya elaborado un proyecto para la implementación del SICGAL durante los primeros cinco años. El proyecto consta de 6 subprogramas (coordinación interinstitucional, inspección y cuarentena, fomento agropecuario, manejo de desechos sólidos, educación y comunicación y seguimiento y monitoreo) por un total de 6.062.775 dólares.
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