La introducción de especies en las islas es bastante antigua; el propio Charles Darwin colectó 6 especies de plantas introducidas. En la actualidad se reconoce que es la amenaza más grave para la diversidad biológica terrestre de las islas y la integridad de sus procesos evolutivos, debido no sólo al peligro directo que implica para la reproducción de ciertas especies endémicas y nativas, sino también a ciertas modificaciones en el comportamiento y en cambios evolutivos, a veces difíciles de prever o detectar.
La mayor parte de las introducciones y sobre todo aquellas más peligrosas, como Chivos, Guayaba, Cascarilla o Garrapateros, son intencionales. Aunque no se dispone de un monitoreo general de la extensión de las especies más agresivas de plantas introducidas, existe un censo de la extensión y difusión de las principales especies de plantas introducidas agresivas en la zona agrícola de Santa Cruz en 1996. La extensión de estas "especies invasoras" representa el 12,1 % de toda la superficie agropecuaria de la Isla. La Guayaba es la especie más difundida, no sólo por su extensión sino también por el número de fincas afectadas.
A diferencia de las plantas, generalmente introducidas de manera intencional, otras especies han sido introducidas de forma accidental, como las ratas y la mayor parte de los invertebrados, que ingresan gracias al continuo flujo de alimentos y bienes agrícolas desde el continente. El más reciente inventario estima en 219 el número de insectos introducidos, la mayoría de los cuales ingresó por plantas vivas (para agricultura o para fines ornamentales). Muchas de estas especies se han convertido en plagas que compiten con plantas nativas, impiden la reproducción de animales endémicos, o incluso, afectan los cultivos de la zona agrícola.
Según el Servicio del Parque Nacional Galápagos, existen 21 especies identificadas de vertebrados introducidos. Algunos de ellos se han convertido en poblaciones cimarronas que se transforman en una seria amenaza para especies nativas y endémicas. Resaltan los chivos (con poblaciones estimadas en decenas de miles de individuos en Isabela), cerdos, la rata negra y los gatos.
Del análisis del número de islas que sufren la introducción de especies exóticas se desprende que los invertebrados y las plantas introducidas son las especies de más rápida difusión y han logrado dispersarse en un gran número de islas incluso alejados de circuitos turísticos. Además, son difíciles de identificar y existe un enorme grado de incertidumbre respecto a ellos. Las aves tienen una menor dispersión pues se encuentran básicamente en las islas pobladas. Los mamíferos están muy difundidos y allí donde existen provocan graves problemas de estabilidad para las especies nativas; sin embargo, el control de su difusión es más viable.
Mientras más pequeña es una isla y más alejada está de la presencia humana, mayores probabilidades tiene de estar libre de especies introducidas. Pero, ¿cuál es la severidad de la presencia de especies extrañas? Empecemos por destacar una de las más importantes conclusiones del trabajo de Snell: las islas de más de 1.000 hectáreas serían aquellas en donde los procesos evolutivos tuvieron lugar en el pasado y todavía se desarrollan en la actualidad. Así, pues, la preservación de la integridad de los procesos en Galápagos está amenazada por la presencia de especies introducidas en casi todas las islas mayores.
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